Năm 1973, ngay trong lúc cuộc kháng chiến chống Mỹ cứu nước đang diễn ra hết sức ác liệt, được sự cho phép của Chính phủ, Uỷ ban Khoa học xã hội Việt Nam đã ký quyết định thành lập Ban Đông Nam Á. Mười năm sau, theo đề nghị của Ủy ban Khoa Xã hội Việt Nam, ngày 09 tháng 9 năm 1983, Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng đã ký Nghị định số 96/HĐBT thành lập Viện Nghiên cứu Đông Nam Á và ngày 22 tháng 5 năm 1993 Chính phủ đã có Nghị định số 23/CP để khẳng định lại.
Hiện nay, Viện Nghiên cứu Đông Nam Á (tên giao dịch tiếng Anh là Institute for Southeast Asian Studies) là một viện nghiên cứu trực thuộc Viện Khoa học Xã hội Việt Nam.
Theo quyết định số 1191/QĐ-KHXH ngày 29/10/2018 của Chủ tịch Viện Khoa học Xã hội Việt Nam, Viện nghiên cứu Đông Nam Á là tổ chức nghiên cứu khoa học trực thuộc Viện Hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam, thực hiện chức năng nghiên cứu những vẫn đề lý luận và thực tiễn cơ bản về khu vực Đông Nam Á dưới góc độ khu vực học, đất nước học và tổ chức hợp tác khu vực (ASEAN); cung cấp luận cứ khoa học cho việc hoạc định chủ trương, đường lối, chính sách của Đảng và Nhà nước đối với khu vực; tư vấn và tham gia đào tạo phát triển nguồn nhân lực về khu vực Đông Nam Á và một số chuyên ngành khoa học có liên quan.
Viện Nghiên cứu Đông Nam Á có các nhiệm vụ và quyền hạn:
- Trình Chủ tịch Viện Khoa học xã hội Việt Nam chiến lược, quy hoạch, kế hoạch 5 năm, hàng năm và tổ chức thực hiện sau khi được phê duyệt.
- Nghiên cứu cơ bản, toàn diện về khu vực Đông Nam Á và các nước trong khu vực Đông Nam Á; mối quan hệ giữa khu vực Đông Nam Á với các nước khu vực và các nước có liên quan, vai trò của tổ chức ASEAN đối với sự phát triển của các nước trong khu vực và Việt Nam.
- Kết hợp nghiên cứu với đào tạo đội ngũ chuyên gia về chuyên ngành Đông Nam Á; tham gia đào tạo đại học và sau đại học góp phần phát triển nguồn nhân lực có trình độ cao theo yêu cầu của Viện Hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam và các tổ chức khác ở trong nước và nước ngoài.
- Tham gia góp ý và phản biện khoa học đối với các chương trình, dự án phát triển kinh tế- xã hội theo yêu cầu của các bộ, ngành, địa phương và sự phân công của Viện Hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam.
- Tổ chức tư vấn khoa học và thực hiện cung cấp dịch vụ công phù hợp với chức năng, nhiệm vụ của Viện.
- Thực hiện hợp tác quốc tế về nghiên cứu, đào tạo và ứng dụng khoa học với các tổ chức, cơ quan nghiên cứu khoa học và các nhà khoa học; tham gia các hội nghị, hội thảo khoa học ở trong nước và nước ngoài theo quy định của pháp luật và của Viện Hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam.
- Trao đổi thông tin khoa học với các tổ chức, cơ quan ở trong nước và nước ngoài theo quy định; quản lý tư liệu, thư viện của Viện; xuất bản các ấn phẩm khoa học, phổ biến và đăng tải các kết quả nghiên cứu và các kiến thức khoa học về Đông Nam Á học.
- Quản lý về tổ chức, bộ máy, vị trí việc làm, cơ cấu viên chức theo chức danh nghề nghiệp và số lượng người làm việc trong đơn vị; tài chính, tài sản của Viện theo quy định hiện hành của Nhà nước và theo sự phân cấp quản lý của Viện Hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam.
- Thực hiện các nhiệm vụ khác theo sư phân công của Chủ tịch Viện Hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam.
Viện Nghiên cứu Đông Nam Á đã và đang triển khai nhiều chương trình nghiên cứu như:
- Nghiên cứu những vấn đề chiến lược phát triển kinh tế – xã hội; chính trị – an ninh và quan hệ quốc tế của các nước Đông Nam Á và của các khu vực có quan hệ;
- Tìm hiểu, phát hiện, tổng kết và giới thiệu lịch sử, văn hoá Đông Nam Á theo quan điểm tổng thể với phương pháp tiếp cận liên ngành, đa ngành nhằm làm sáng tỏ các giá trị văn hoá của khu vực và mối quan hệ, tương tác về lịch sử, văn hoá giữa các nước Đông Nam Á, góp phần nâng cao sự hiểu biết lẫn nhau giữa nhân dân ta và nhân dân các nước trong khu vực để xây dựng khu vực Đông Nam Á thành một cộng đồng hoà bình, ổn định, hữu nghị, hợp tác và phát triển.
- Tiến hành trao đổi hợp tác quốc tế trên các lĩnh vực nghiên cứu khoa học về Đông Nam Á, trước hết với các nước trong khu vực và các trung tâm nghiên cứu Đông Nam Á trên thế giới. Viện đã thiết lập quan hệ với các Viện nghiên cứu, các trường đại học tại nhiều quốc gia trong khu vực và quốc tế như Trừơng đại học Chulalongkorn, Trường đại học quốc gia Lào,Viện nghiên cứu văn hoá Lào, Viện Hàn lâm Hoàng gia Campuchia, Viện nghiên cứu Đông Nam Á Singapor, Trung tâm Đông Nam Á thuộc trường đại học Berkeley, Caliornia (Hoa Kỳ) ....
- Phối hợp với các cơ sở đào tạo nhằm đào tạo cán bộ nghiên cứu về Đông Nam Á bậc đại học và trên đại học; tham gia giảng dạy tại các trung tâm nghiên cứu, các trường đại học về Đông Nam Á học ở Việt Nam và một số nước trong khu vực;
Về tổ chức, Viện Nghiên cứu Đông Nam Á đã trải qua các thời kỳ:
* Lãnh đạo viện hiện nay:
Viện trưởng: PGS.TS. Nguyễn Huy Hoàng
Phó Viện Trưởng: TS. Võ Xuân Vinh
* Người sáng lập Viện: GS.VS. Nguyễn Khánh Toàn.
- Từ 1973 – 1975:
Trưởng ban: Nhà nghiên cứu Cao Huy Đỉnh.
Phó trưởng ban: Nhà nghiên cứu Phan Gia Bền
- Từ 1975 – 1983:
Trưởng ban: GS.TS. Phạm Đức Dương.
Phó trưởng ban: GS. Nguyễn Tấn Đắc.
- Từ 1983-1994:
Viện trưởng: GS.TS. Phạm Đức Dương.
Các Phó Viện trưởng:
GS. Nguyễn Tấn Đắc (1983-1992)
PGS.TS. Phạm Đức Thành (1991-1994)
- Từ 1994 đến 03-2006:
Viện trưởng: PGS.TS. Phạm Đức Thành.
Các Phó Viện trưởng:
PGS.TS. Nguyễn Thu Mỹ (1994-1999).
PGS.TS. Ngô Văn Doanh (1999 -2006)
TS. Nguyễn Sỹ Tuấn (1999 -2007).
- Từ 2006-2007: PGS.TS. Lê Bộ Lĩnh
Các Phó Viện trưởng:
PGS.TS. Nguyễn Sỹ Tuấn.
PGS.TS. Nguyễn Duy Dũng
- Từ 2007-2011: PGS.TS. Nguyễn Sỹ Tuấn
Các Phó Viện trưởng:
PGS.TS. Nguyễn Duy Dũng
PGS.TS. Nguyễn Huy Hoàng
- Từ 2011-2017: PGS.TS. Nguyễn Duy Dũng
Các Phó Viện trưởng:
PGS.TS. Nguyễn Huy Hoàng
TS. Võ Xuân Vinh